Николай Алексеевич Скрыпник родился 13 января 1872 в слободе Ясиноватое Бахмутского уезда Екатеринославской губернии. Из семьи железно-дорожного служащего.
Экстерном сдал экзамены за курс реального училища в Курске. В 1900-1901 учился в Петербургском технологическом институте. Исключен за революционную деятельность. Был конторщиком, рабочим, счетоводом. Участник Революции 1905-1907 годов, делегат III съезда РСДРП (1905). За организацию вооруженного восстания в Риге заочно приговорён к смертной казни. Неоднократно арестовывался, ссылался. В 1913-1914 член редакций журнала «Вопросы Страхования», газеты «Правда». В 1914 сослан в Тамбовскую губернию.
Февральская революция 1917 застала Скрыпника в Моршанске, затем в Тамбове. В конце мая приехал в Петроград. На I конференции фабзавкомов (ФЗК) Петрограда (30 мая-3 июня) избран секретарем Центрального совета (ЦС) ФЗК. В выступлении на III Всеросийской конференции профсоюзов (21-28 июня) обосновывал лозунг контроля над производством как мобилизующий рабочих и беднейших крестьян на завоевание власти. При обсуждении вопроса о взаимоотношениях между профсоюзами и ФЗК отметил: «Не надо прокламировать подчинение заводских комитетов профессиональным союзам, а нужно установить совместную и организованную деятельность, чтобы заводские комитеты имели общие с профессиональными союзами задачи, чтобы общественное движение рабочих развивалось». От ЦС ФЗК введён во ВЦИК.
Делегат VI съезда РСДРП(б) (26 июля — 3 августа) от Петоградской организации. Приветствуя съезд от имени ЦС ФЗК Петрограда, утверждал, что все новые организации рабочего класса возникли благодаря непосредственной деятельности РСДРП(б). Предложил от имени проф. секции съезда проект резолюции, в к-рой рекомендовал всем членам партии всемерно содействовать сплочению рабочих в проф. организации и указал, что взаимное представительство партии и профсоюзов «…окончательно объединит действия организаций, ведущих борьбу за одинаковые конечные цели». Избран кандидатом в члены ЦК РСДРП(б).
16 августа ЦК поручил Скрыпник проведение страховой конференции в городе. 20 августа решением ЦК партии введён в редакцию газеты «Пролетарий» (название «Правды» ), возглавил фаб.-зав. и страховой отделы. Введён в редакцию журнала «Новый Путь» (орган ЦС ФЗК). В дни выступления генерала Л.Г.Корнилова (август) занимался формированием и вооружением отрядов Красной Гвардии. Выступая 10 сентября на III Петрогроградской конференции ФЗК с докладом об эвакуации и «разгрузке» столицы (от революционных войск), отметил, что в комиссиях Временного правительства разрабатывается план вывода «…чуть ли не всей промышленности Петрограда», что, по его оценке, «…это саботаж под покровительством государства» и что «разгрузка» Петрограда — это одно из проявлений контрреволюции». Участвовал в Демократическом совещании (Петроград, 14-22 сентября), вошёл в Предпарламент. 28 сентября на заседании ЦС ФЗК призвал к переходу власти в руки Советов. Выдвигался кандидатом в делегаты Учредительного Собрания (от Тамбовской губ.), избран не был.
10 октября выступил на IV Петроградской конференции ФЗК, указал на крайнюю необходимость созыва Всероссийской конференции ФЗК, ибо борьбу за рабочий контроль нельзя вести изолированно, фабзавкомы должны осведомлять и поддерживать друг друга в творческой работе по осуществлению планирования производства.
16 октября на расширенном заседании ЦК РСДРП(б) заявил от имени ФЗК Петрограда: «Повсюду замечается тяга к практич. результатам, резолюции уже не удовлетворяют. Чувствуется, что руководители не вполне выражают настроения масс». Возражал против оборонительной тактики, на которой настаивали Л.Б.Каменев и Г.Е.Зиновьев, против их требования гарантировать успех восстания: «Все доводы, которые здесь приводились, — только отсрочка». Высказался за решит, подготовку к восстанию с целью взятия власти. Открывая 17 октября Всероссийскую конференцию ФЗК, отметил, что «…созданные рев. порывом пролетариата фабзавкомы ведут упорную борьбу с контрреволюцией в области производства» и она вызвала «острую потребность во всероссийском объединении». Не согласился с утверждением делегата из Харькова о том, что ФЗК превращаются в подсобную силу капиталистов по обеспечению пр-тий всем необходимым, что, доставая сырьё и топливо, они способствуют эксплуатации рабочих. Избран членом Всероссийской ЦС ФЗК. Введён от ЦС ФЗК в Петрогроградский ВРК.
Делегат II Всероссийского съезда Советов РСД (25-27 октября) (позже от ЦС ФЗК кооптирован во ВЦИК). На заседании ЦС ФЗК Петрограда 25 октября заявил, что вопроса о власти больше не существует и «..необходимо целесообразное направление мер для исправления хоз. разрухи. Нужно немедленно привлечь все силы в районах и учесть все материалы на заводах и топливо. Ввиду неизбежности локаута заводчиков и фабрикантов в области финансов нам необходим полный контроль. Все силы мы должны напрячь для творческой работы. У нас теперь экзамен, который мы должны выдержать».
Участвовал в бою под Пупковом против войск А.Ф.Керенского — П.Н.Краснова. В ноябре член комиссии СНК по организации ВСНХ и выработке первого положения о нём. 30 ноября избран зам. председателя Президиума петроградской Городской думы. В декабре направлен ЦК РСДРП(б) на Украину, где в Харькове вошёл в первое Советское правительство Украины. С марта 1918 пред. Народного секретариата Украины и народный секретарь иностранных дел, член Президиума ВУЦИК. Один из организаторов КП(б)У.
С июля член коллегии ВЧК, начальник отдела по борьбе с контрреволюцией, секретно-оперативного отдела. С января 1919 на государственной и партийной работе.
В обстановке сталинских репрессий необоснованно обвинён в связях с украинскими буржуазными националистами.
Покончил жизнь самоубийством (застрелился во время заседания Политбюро ЦК КП(б) Украины, рассматривавшего его вопрос) 7 июля 1933 года в Харькове.